После окончания Новосибирского медицинского института  в 1963г.  Эдуард Самуилович Гоберник  работал в Новосибирской областной психиатрической больнице № 1 врачом-психиатром.   Свою профессиональную деятельность в г. Кемерово Э.С. Гоберник начал в 1966 году в должности заведующего наркологическим отделением областной психиатрической больницы. В 1984 году после выделения областного наркологического диспансера в самостоятельное лечебное учреждение был назначен главным врачом и бессменно руководил им до 2006 года.

За период  работы Эдуард Самуилович определил задачи и функции областного наркологического диспансера, как структурного амбулаторно-стационарного звена, лечебно-восстановительного наркологического комплекса, где определена ведущая роль врача-психиатра-нарколога с учетом комплексного подхода к решению проблемы преодоления наркомании и алкоголизма в условиях крупного промышленного центра. Опыт работы наркологической службы, возглавляемой Э.С. Гоберником, был рекомендован для распространения в Российской Федерации. Эдуард Самуилович опубликовал более двадцати печатных работ, неоднократно выступал с докладами на Всероссийских научно-практических конференциях по наркологии.

За свой труд и вклад в развитие наркологической службы Кузбасса Эдуард Самуилович был награжден знаком «Отличник здравоохранения», медалями  «За особый вклад в развитие Кузбасса» III степени,  «За трудовую доблесть»,  «За доблестный труд»,   многочисленными благодарственными письмами и почетными грамотами  ДОЗН КО.