В 1984г. после окончания Кемеровского государственного медицинского института прошел обучение в ординатуре, а затем окончил аспирантуру при кафедре психиатрии, наркологии и медицинской психологии КГМИ и по 1993г. работал на этой кафедре ассистентом, а затем доцентом кафедры психиатрии, наркологии и медицинской психологии КГМА.
В 1990г. защитил кандидатскую диссертацию, и ему была присуждена ученая степень кандидата медицинских наук.
С 1993г. начал трудовую деятельность в аппарате городского здравоохранения и при поддержке администрации г.Кемерово организовал и возглавил в качестве главного врача Городской центр медико-психологической помощи (суицидологический центр). Это единственное в стране медицинское учреждение, не входящее в структуру психиатрической службы, деятельность которого направлена на раннее выявление, профилактику и лечение лиц с суицидоопасным поведением. Эффективность деятельности этой службы подтверждается достоверным снижением уровня смертности за 20 лет от суицидов среди населении г.Кемерово. Наряду с активной работой в практическом здравоохранении, А.А.Лопатин продолжает научную деятельность и в 2000г. успешно защищает диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук. В 2002г. ему присвоено ученое звание профессора кафедры психиатрии, наркологии и медицинской психологии КГМА. Анализ деятельности структурных подразделения суицидологического центра, в частности Телефона Доверия, позволил А.А.Лопатину выявить актуальные медико-социальные проблемы в городе и области, из которых наиболее важное значение имели наркологические проблемы. В связи с этим с 1997г. Лопатин А.А. начал организацию наркологической службы г.Кемерово с акцентом на детско-подростковое население. Уже к 1998г. были открыты амбулаторные наркологические кабинета в каждом районе города, детско-подростковый наркологический стационар, отделение медицинской и социальной реабилитации для детей и подростков
С 1998г. Лопатин А.А. является главным внештатным специалистом ДОЗН КО по психиатрии-наркологии. С октября 2002г. Лопатин А.А. приказом МЗ РФ назначен главным наркологом МЗ РФ по Сибирскому округу.
Деятельность Лопатина А.А. позволила существенно изменить, обновить и расширить наркологическую службу Кузбасса. В 2001г. А.А.Лопатиным открыта одна из первых в России химико-токсикологическая лаборатория, оснащенная самым современным оборудованием и кабинеты экспертизы опьянения, что позволяет не только освидетельствовать граждан, но и осуществлять лекарственный мониторинг лицам, находящимся на амбулаторном и стационарном лечении.
Андрей Анатольевич имеет более 200 научных публикаций в научных журналах, а также статьи в зарубежных изданиях.
Имеет награды: благодарственное письмо Кемеровского областного Совета народных депутатов, почетная грамота Министерства здравоохранения Российской Федерации, почетные грамоты администрации Кемеровской области, медаль «За служение Кузбассу», благодарственное письмо Федеральной службы РФ по контролю за оборотом наркотиков.
Принимал участие в областном и Всероссийском конкурсе на звание «Лучший врач 2007 года», где признан победителем в номинации «Лучший руководитель медицинского учреждения».
Награжден знаком «Отличник здравоохранения» — 2008г., ценным подарком Губернатора Кемеровской области (автомобиль) – 2008г., медалью «За особый вклад в развитие Кузбасса III степени» — 2010г., медалью «70 лет Кемеровской области» — 2012г., юбилейной медалью «10 лет Федеральной службе Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков» -2013г.